Variability in remote portlets

130 p.Contexto Los portales corporativos (EIP, acrónimo en inglés de Enterprise Information Portal ) integran información, personas y procesos dentro de los límites de las organizaciones. Una característica importante de los portales corporativos es la descentralización en la creación de los contenidos y la gestión de los mismos, esto ayuda a mantener la información siempre actualizada. Otra característica distintiva es que pueden atender no sólo al personal interno de la organización a la que pertenecen, sino que también son capaces de proveer servicios a personal externo tales como clientes, proveedores y socios comerciales. Los portales permiten a las personas comunicarse y colaborar, proporcionan un punto de acceso uni cado al contenido dinámico generado por las aplicaciones de negocio, fraccionan los silos de contenido y proveen información personalizada de forma e caz. Los portales son también plataformas de integración. Además de ofrecer sus propios servicios, un portal es también un conducto para aplicaciones externas. Estas aplicaciones son técnicamente conocidas como portlets. Un portlet es un componente Web con interfaz de usuario que puede ser ofrecido a través de aplicaciones de terceros (por ejemplo, un portal). Los portlets tienen interfaz de usuario, es decir, en lugar de devolver datos en crudo, los portlets presentan vistas a los usuarios. Además, los portlets son aplicaciones complejas con contexto que pueden soportar ujos de trabajos compuestos de múltiples pasos. La especi cación de portlet [6, 7] ofrece interoperabilidad entre las plataformas de portales y los portlets, estos es, permite a los desarrolladores escribir el portlet una vez, y reutilizarlo en cualquier portal que soporte la especi cación. Esto proporciona la infraestructura para hacer posible un mercado de portlets de manera que, los portales puedan ofrecer portlets provistos por terceros. En 2006 se puso en marcha el proyecto Open Source Portlet Repository Project (un repositorio de portlets de código abierto) para fomentar el libre intercambio de portlets de código abierto. Este repositorio es "una biblioteca de aplicaciones listas para correr que se pueden descargar y desplegar directamente en su portal sin, en la mayoría de los casos, con gura- 1 ciones adicionales" [2]. Otras iniciativas similares son Portlet Swap (jboss.org) y Liferay Marketplace (liferay.com). La especi cación Web Services for Remote Portlets (WSRP) va un paso más allá y permite el renderizado remoto de los portlets. El mantra de esta especi - cación es desplegar una vez, proveer en cualquier lugar . Con WSRP, un portlet puede estar alojado ( producido ) en una infraestructura completamente aislada de los portales que ofrecen ( consumen ) el portlet a sus usuarios. Esto convierte a WSRP en una solución viable para construir portales federados, es decir, una red de portales interconectados donde los recursos alojados en un portal pueden estar disponibles en muchos. Desde esta perspectiva, los portlets juegan en la capa de presentación el mismo papel que los servicios web convencionales juegan en la capa de lógica de negocio: permiten crear sistemas complejos mediante la composición de sistemas reusables más sencillos. Las principales diferencias con los servicios web tradicionales consisten en qué se está reutilizando (que incluye la interfaz de usuario) y dónde se produce la integración (en la capa de presentación). 2 Problema General La variabilidad en software es la capacidad de un sistema o artefacto software para ser modi cado, personalizado o con gurado para su uso en un contexto particular. Pero, ¿cuánta variabilidad debemos considerar? ¿Quién es consciente de la variabilidad requerida? Para responder a estas preguntas vamos a introducir un ejemplo. Considere una compañía aérea (por ejemplo, IBERIA) que ofrece dos servicios en términos de portlets: searchFlight y bookFlight. De esta manera, las agencias de viajes (por ejemplo, HALCON) pueden hacer uso de estos portlets dentro de sus portales. Los usuarios (por ejemplo, los clientes de HALCON) acceden al portal de la agencia de viajes sin ser conscientes de que searchFlight está siendo ofrecido por un tercero (es decir, IBERIA). Por lo tanto, los portlets son explícitamente desarrollados para ser utilizados en múltiples portales, ya sea desplegados localmente o provistos de forma remota. El punto importante a destacar es que los portlets pueden ser reutilizados por diversos contextos y audiencias. Por ejemplo, IBERIA ofrece sus servicios no sólo a HALCON, sino también a otras agencias de viajes (por ejemplo, EROSKI). Esto signi ca que searchFlight también debe atender a las necesidades de integración de EROSKI. Por otro lado, incluso los clientes de un portal dado pueden tener diferentes necesidades. Por ejemplo, el usuario Oscar es muy aprensivo a las condiciones climáticas por lo que siempre consulta el pronóstico del tiempo antes de jar la fecha de un viaje. Esto sólo se aplica a Oscar, y no es contemplado por el portlet ightBooking. Por lo tanto, el Sr. Oscar se ve obligado a moverse fuera del ámbito del portal para satisfacer esta necesidad de datos (por ejemplo, a través de un widget weatherForecast ), y es su responsabilidad pasar los datos necesarios para la consulta del portal al widget. El ejemplo anterior sirve para ilustrar los diferentes contextos en los que la 2 variabilidad puede ser jada y decidida. En concreto, existen tres "reinos de decisión": el proveedor del portlet (por ejemplo, IBERIA). En este caso, el proveedor realiza un análisis profundo del dominio para satisfacer las variaciones del portlet requeridas por todos los usuarios y escenarios donde su portlet puede ser utilizado. el consumidor del portlet (por ejemplo, HALCON). Aquí, el portal del consumidor realiza un análisis de su base de consumidores, y provee los medios al propietario del portal para con gurar el portlet adecuadamente. el usuario nal (por ejemplo, el Sr. Oscar). Ningún diseño puede proporcionar información para cada situación, y ningún diseñador puede incluir información personalizada para cada usuario. Esto es cierto para cualquier aplicación web, y los portlets no son una excepción. Merece la pena mencionar, que estos reinos de decisión no son ortogonales sino complementarios. Todos, el proveedor del portlet, el consumidor del portlet, e incluso, los usuarios nales, deben colaborar para obtener una mejor experiencia en la web. Las secciones siguientes profundizan en cada uno de estos escenarios. 3 Escenario 1: Variabilidad basada en el Provee- dor Este escenario pone la carga de la variabilidad sobre los hombros del proveedor. El proveedor debe realizar un análisis del dominio con el n de comprender los diferentes entornos en los que sus portlets van a ser desplegados. Esto lleva a la noción de Consumer Pro le (o per l del consumidor). El Consumer Pro le incluye no sólo detalles sobre la plataforma del consumidor (por ejemplo, JBoss GateIn, Liferay, eXo Platform), sino también requisitos funcionales planteados por el propietario portal que necesitan ser atendidos por el proveedor del portlet. Mientras que el per l de usuario caracteriza al usuario nal (por ejemplo, edad, nombre, etc.), el Consumer Pro le recoge la idiosincrasia de la organización a través de la cual se está ofreciendo el portlet (por ejemplo, el propietario del portal) en cuanto a la funcionalidad del portlet se re ere. El per l de usuario puede ser dinámico y, por lo tanto, requiere que el portlet pueda ser personalizado en tiempo de ejecución. Por el contrario, el Consumer Pro le se conoce en tiempo de registro, y no siempre es apropiado o posible considerarlo en tiempo de ejecuci ón. En este caso, es mejor personalizar el código en tiempo de desarrollo y producir un portlet especí co para la organización que incluya funcionalidad personalizada. Para este n, se propone el uso de líneas de producto software (SPL) para el desarrollo de portlets. 3 Desarrollo basado en SPL hace referencia a los métodos, herramientas y técnicas para la creación de una colección de sistemas software similares a partir de un conjunto compartido de artefactos software utilizando un medio de producci ón común. En este escenario, ya no tenemos un portlet sino una familia de portlets, y el proveedor de portlet se convierte en la "cadena de montaje" de esta familia. Este trabajo promueve esta visión mediante la introducción de una arquitectura compatible con el estándar WSRP que permite a los consumidores de portlets manejar familias de portlet de la misma manera en la que manejan "portlets tradicionales". Al hacer esto, los portlets están más cerca de convertirse en servicios realmente reutilizables y, por lo tanto, permitir la construcción de Arquitecturas Orientadas a Servicios (SOA) usando portlets. Una arquitectura SOA de de ne como "una estrategia de TI que organiza las funciones discretas contenidas en las aplicaciones empresariales en servicios interoperables estándares que pueden ser combinados y reutilizados de manera ágil para satisfacer las necesidades del negocio" - BEA Systems, Inc. SOA ofrece a las organizaciones una mayor agilidad, ya que pueden desplegar rápidamente nuevos procesos de negocio o modi car los existentes en respuesta a los cambios del mercado. Los portales basados en portlets podrían proporcionar un enfoque ligero a las SOA. La de nición anterior puede reformularse utilizando la terminolog ía de portales como una estrategia de TI que organiza las funciones discretas contenidas en las aplicaciones empresariales [portlets] en servicios interoperables [portlets remotos pueden comunicarse y compartir datos] estándares [WSRP está basado en los estándares de servicios web] que pueden ser combinados [los portales pueden agregar información de múltiples portlets] y reutilizados de manera ágil [WSRP no requiere esfuerzo de programación] para satisfacer las necesidades del negocio . Aunque un número creciente de organizaciones se están moviendo hacia las SOA muchas están teniendo di cultades para identi- car el primer paso en el proceso. Aquellas empresas que buscan bene ciarse de las SOA pueden utilizar los portales basados en portlets como su primer paso en este camino [9]. Este escenario SOA no sólo requiere interoperabilidad (a través de los estándares de portlets) y la difusión de los portlets (a través de los repositorios de portlets), sino también variabilidad. Los portlets tienden a ser componentes de grano grueso, ya que encapsulan tanto la capa de presentación, como la capa de funcional. Estos componentes de granularidad gruesa tienen menos posibilidades de ser reutilizados "tal cual" [5]. Esto puede poner en peligro la visión de los portlets como servicios reutilizables. Esto introduce las siguientes preguntas de investigación: ¿Cómo se puede aplicar el desarrollo basado en SPL a los portlets? ¿Cuáles serían las implicaciones para el estándar WSRP? 4 4 Escenario 2: Variabilidad basada en el Con- sumidor Los proveedores de portlets no siempre pueden prever todas las necesidades de los consumidores, o algunos portlets podrían necesitar extensiones que no pueden ser soportadas utilizando los mecanismos de parametrización habituales. El etiquetado social es un ejemplo de ello. Los portales, en un grado mayor que otras aplicacionesWeb, tienen la noción de comunidad profundamente arraigada en el interior de su naturaleza. Especí camente, los Enterprise Information Portals nacieron para dar soporte a los empleados dentro de una organización. Por lo tanto, es natural integrar funcionalidades presentes en las redes sociales dentro de estos portales. Entre estas funcionalidades, este trabajo se centra en el etiquetado. La motivación para llevar el etiquetado al lugar de trabajo, admite una doble perspectiva. Desde el punto de vista de la empresa, el etiquetado es un medio económico para compartir y retener conocimiento en el contexto de una organización, previniendo la fuga de datos críticos fuera de la empresa [4]. Desde la perspectiva de un empleado, distintos estudios [11, 1, 8] concluyen que las motivaciones individuales para utilizar el etiquetado en el lugar de trabajo, tales como la creación de un repositorio personal o re-encontrar los recursos propios aún son motivaciones importantes. En este escenario, los etiquetadores (es decir, la comunidad del portal) y las etiquetas son activos del portal. Sin embargo, y a diferencia de los sitios de etiquetado tradicionales, los portales podrían no contener la descripción de todos los recursos susceptibles de ser etiquetados. Por ejemplo, la descripción de los libros o de los hoteles que se ofrecen a través del portal la podría proveer de forma remota, por ejemplo, por Amazon y Expedia, respectivamente. Esta externalización de la descripción de los contenidos no implica que no merezca la pena etiquetar los recursos externos. Esto nos lleva a distinguir entre dos actores: el proveedor de recursos, que mantiene el contenido de los recursos etiquetables (por ejemplo, la descripción del libro en el caso de Amazon), y el consumidor de recursos (es decir, el portal), que mantiene la comunidad de etiquetadores y las etiquetas. De la misma manera en que los portlets adaptan su capa de presentación a las directrices estéticas del portal que los aloja, el etiquetado a través de los portlets también debe adaptarse a las peculiaridades del portal del consumidor. Esto introduce las siguientes preguntas de investigación: ¿Cómo pueden los portlets ser conscientes de las especi cidades del portal, en concreto, aquellas referentes al etiquetado? 5 Escenario 3: Variabilidad basada en el Usuario La personalización es el proceso de adaptación de las páginas a las características o preferencias individuales de los usuarios de manera que resulten más e caces para satisfacer sus objetivos. Se basan en la teoría de que cada usuario tiene intereses y necesidades únicas. Desafortunadamente, los usuarios normalmente 5 no tienen in uencia en la elección de qué contenido puede ser personalizado o cómo puede este personalizarse. Además, no siempre es fácil para el diseñador prever los distintos contextos y objetivos desde los que se acceden a su aplicación. "Ningún diseño puede proporcionar información para cada situación, y ningún diseñador puede incluir información personalizada para cada usuario" [10]. No hace mucho tiempo, sólo los desarrolladores podían crear aplicaciones. Los usuarios sólo podían utilizar lo que los desarrolladores habían creado antes. Sin embargo, las cosas han cambiado. Con los mashups, los usuarios pueden evitar el departamento de TI y crear sus propias aplicaciones en respuesta a sus propias necesidades. Un mashup es una aplicación web ligera creada por la combinación de información y capacidades de más de una fuente existente para ofrecer nuevas funciones y conocimiento. Nuevas herramientas están actualmente disponibles (por ejemplo, Software AG Presto, IBM Mashup Center, Kofax Kapow) que requieren poca o ninguna participación del departamento de TI y permiten a los usuarios con experiencia crear el mashup que necesitan, cuando lo necesitan. Habilitando a los usuarios de esta manera, se puede reducir el número de aplicaciones que esperan a la cola del departamento de TI para ser creadas, el tiempo y los costos de desarrollo y se puede reducir el costo de crear información personalizada ya que los usuarios pueden adaptar ellos mismos la información a la forma en que la necesitan [3]. Esto introduce las siguientes preguntas de investigación: ¿Cómo pueden los mashups ser introducidos en los portales basados en portlets? 6 Contribuciones Esta tesis se ha desarrollado en el contexto de la ingeniería, lo que nos empujó a lograr no sólo una contribución académica sino también a mirar la aplicabilidad de estas ideas. Para ello, se proporciona una implementación de las ideas aquí introducidas. En nuestra opinión, esta tesis hace las siguientes aportaciones: 6.0.1 Variabilidad basada en el Proveedor Este trabajo promueve la visión de los portlets como servicios reutilizables mediante la introducción de la noción de Consumer Pro le como una forma de capturar las especi cidades de las diferentes organizaciones, donde el portlet puede ser utilizado. Esto a su vez conduce al uso de un enfoque de desarrollo de portlets basado en SPL y a la introducción de una arquitectura compatible con el estándar WSRP que permite a los consumidores de portlets manejar familias de portlet de la misma manera en la que manejan "portlets tradicionales". La solución se ha apoyado en el proyecto WSRP4Java1. 1http: //portals.apache.org/wsrp4j/ 6 6.0.2 Variabilidad basada en el Consumidor Esta tesis explora aquellos medios que pueden ser más adecuados para dar soporte a las características especí cas del consumidor. El etiquetado se utiliza como un ejemplo. Este trabajo argumenta que el etiquetado debe ser ortogonalmente soportado como una funcionalidad transversal encima de los portlets. El principal reto se basa en la coherencia tanto en el back-end (esto es, el uso de una estructura común de datos, por ejemplo, un conjunto común de etiquetas), y el front-end (esto es, las interacciones con la funcionalidad de etiquetado deben ser soportadas de forma homogénea a lo largo de todo el portal utilizando estilos de presentación similares). El mecanismo de eventos de los portlet y las anotaciones RDFa se utilizan para cumplir con este requisito. Un ejemplo sobre Liferay ilustra la viabilidad del enfoque. 6.0.3 Variabilidad basada en el Usuario El enfoque presentado introduce mashups como un mecanismo de personalizaci ón adicional mediante el cual los usuarios del portal pueden complementar los servicios del portal (es decir, los portlets) con sus propias necesidades de información. El enfoque se implementa sobre Liferay como la plataforma de portales utilizando los portlets como la tecnología para soportar los servicios del portal y XBL como que la tecnología de integración. Para facilitar la adopción del enfoque se ha desarrollado una herramienta visual que oculta los tecnicismos de XBL a los usuarios. 7 Conclusiones El protocolo WSRP describe la conversación entre los proveedores de portlets y los consumidores que actúan en nombre de los usuarios nales: los proveedores son los servicios web con capa de presentación que alojan los portlets y son capaces de procesar las solicitudes de markup y las de interacción del usuario con los portlets, los consumidores utilizan estos servicios web como parte de las vistas que presentan a los usuarios nales y gestionan las interacción de los usuarios nales con la capa de presentación de los portlets, los usuarios nales son los clientes de los consumidores Estos roles constituyen los diferentes contextos en los que la variabilidad de los portlets remotos se puede jar y decidir. el proveedor de portlet. En este caso, el proveedor de portlets lleva a cabo un análisis profundo del dominio y proporciona a los consumidores un conjunto cerrado de variantes entre las que elegir. 7 el consumidor portlet. Los consumidores de portlets también pueden crear y añadir sus propias variantes especí cas del producto, por ejemplo, para tener en cuenta los requisitos que para ser satisfechos requieren el uso de funcionalidad externa. el usuario nal. Hay una tendencia creciente para proporcionar variabilidad a los usuarios nales (por ejemplo, mecanismos a través de plugins). Sin embargo, no podemos esperar que los usuarios nales puedan editar y compilar el código fuente. Esta tesis aborda el reto de soportar variabilidad para cada uno de estos escenarios

Efectos del trabajo colaborativo apoyado en redes sociales en el desarrollo del pensamiento crítico

Esta investigación pretendió determinar los efectos del trabajo colaborativo apoyado en redes sociales sobre el desarrollo de habilidades de pensamiento crítico en estudiantes de educación media del Distrito de Cartagena. El enfoque de esta investigación fue cuantitativo y el diseño se enmarcó dentro del modelo cuasi-experimental de medición antes y después, con dos grupos experimentales. En ambos, se realizaron actividades de trabajo colaborativo a partir de un plan de intervención, diseñado para este estudio. Se llevaron a cabo dos pruebas: antes y después de la intervención. Con los resultados de éstas se alimentó el software estadístico SPSS versión 21. Se utilizó la prueba paramétrica t de Student y la prueba de Análisis de varianza Anova de tipo paramétrica para muestras independientes intergrupales e intragrupales. Las autoras encontraron mejorías significativas en las respuestas dadas por los estudiantes en la prueba antes en ambos grupos, lo que muestra al aprendizaje colaborativo como potenciador del desarrollo de habilidades de pensamiento crítico independientemente si las interacciones se hacen presencial o virtual (digitales).MaestríaMagister en Educació

The role of plant–pollinator interactions in structuring nectar microbial communities

Floral nectar harbours a diverse microbiome of yeasts and bacteria that depend predominantly on animal visitors for their dispersal. Since pollinators visit specific sets of flowers and carry their own unique microbiota, we hypothesize that plant species visited by the same set of pollinators may support non-random nectar microbial communities linked together by the type of pollinator. Here we explore the importance of plant–pollinator interactions in the assembly of nectar microbiome and study the role of plant geographic location as a determinant of microbial community composition. We intensively sampled the nectar of 282 flowers of 48 plant species with beetles, birds, long-tongued and short-tongued insects as pollinators in wild populations in South Africa, one of the world's biodiversity hotspots, and using molecular techniques we identified nectar yeast and bacteria taxa. The analyses provided new insights into the richness, geographic structure and phylogenetic characterization of nectar microbiome, and compared patterns of composition of bacteria and yeast communities in relation to plant and pollinator guild. Our results showed that plant–pollinator interactions played a crucial role in shaping nectar microbial communities. Plants visited by different pollinator guilds supported significantly different yeast and bacterial communities. The pollinator guild also contributed to the maintenance of beta diversity and phylogenetic microbial segregation. The results revealed different patterns for yeast and bacteria; whereas plants visited by beetles supported the highest richness and phylogenetic diversity of yeasts, bacteria communities were significantly more diverse in plants visited by other insect groups. We found no clear microbial spatial segregation at different geographical scales for bacteria, and only the phylogenetic similarity of yeast composition was correlated significantly with geography. Synthesis. Interactions of animal vector, plant host traits and microbe physiology contribute to microbial community assemblages in nectar. Our results suggest that plants visited by the same pollinator guild have a characteristic nectar microbiota signature that may transcends the geographic region they are in. Contrasted patterns for yeast and bacteria stress the need for future work aimed at better understanding the causes and consequences of the importance of plants and pollinators in shaping nectar microbial communities in nature.Ministerio de Economía y Competitividad SEV-2012- 0262Ministerio de Ciencia e Innovación RYC2018-023847-

Global data on earthworm abundance, biomass, diversity and corresponding environmental properties

Publisher Copyright: © 2021, The Author(s).Earthworms are an important soil taxon as ecosystem engineers, providing a variety of crucial ecosystem functions and services. Little is known about their diversity and distribution at large spatial scales, despite the availability of considerable amounts of local-scale data. Earthworm diversity data, obtained from the primary literature or provided directly by authors, were collated with information on site locations, including coordinates, habitat cover, and soil properties. Datasets were required, at a minimum, to include abundance or biomass of earthworms at a site. Where possible, site-level species lists were included, as well as the abundance and biomass of individual species and ecological groups. This global dataset contains 10,840 sites, with 184 species, from 60 countries and all continents except Antarctica. The data were obtained from 182 published articles, published between 1973 and 2017, and 17 unpublished datasets. Amalgamating data into a single global database will assist researchers in investigating and answering a wide variety of pressing questions, for example, jointly assessing aboveground and belowground biodiversity distributions and drivers of biodiversity change.Peer reviewe

Global data on earthworm abundance, biomass, diversity and corresponding environmental properties

Earthworms are an important soil taxon as ecosystem engineers, providing a variety of crucial ecosystem functions and services. Little is known about their diversity and distribution at large spatial scales, despite the availability of considerable amounts of local-scale data. Earthworm diversity data, obtained from the primary literature or provided directly by authors, were collated with information on site locations, including coordinates, habitat cover, and soil properties. Datasets were required, at a minimum, to include abundance or biomass of earthworms at a site. Where possible, site-level species lists were included, as well as the abundance and biomass of individual species and ecological groups. This global dataset contains 10,840 sites, with 184 species, from 60 countries and all continents except Antarctica. The data were obtained from 182 published articles, published between 1973 and 2017, and 17 unpublished datasets. Amalgamating data into a single global database will assist researchers in investigating and answering a wide variety of pressing questions, for example, jointly assessing aboveground and belowground biodiversity distributions and drivers of biodiversity change

Guidelines for the use and interpretation of assays for monitoring autophagy (3rd edition)

In 2008 we published the first set of guidelines for standardizing research in autophagy. Since then, research on this topic has continued to accelerate, and many new scientists have entered the field. Our knowledge base and relevant new technologies have also been expanding. Accordingly, it is important to update these guidelines for monitoring autophagy in different organisms. Various reviews have described the range of assays that have been used for this purpose. Nevertheless, there continues to be confusion regarding acceptable methods to measure autophagy, especially in multicellular eukaryotes. For example, a key point that needs to be emphasized is that there is a difference between measurements that monitor the numbers or volume of autophagic elements (e.g., autophagosomes or autolysosomes) at any stage of the autophagic process versus those that measure fl ux through the autophagy pathway (i.e., the complete process including the amount and rate of cargo sequestered and degraded). In particular, a block in macroautophagy that results in autophagosome accumulation must be differentiated from stimuli that increase autophagic activity, defi ned as increased autophagy induction coupled with increased delivery to, and degradation within, lysosomes (inmost higher eukaryotes and some protists such as Dictyostelium ) or the vacuole (in plants and fungi). In other words, it is especially important that investigators new to the fi eld understand that the appearance of more autophagosomes does not necessarily equate with more autophagy. In fact, in many cases, autophagosomes accumulate because of a block in trafficking to lysosomes without a concomitant change in autophagosome biogenesis, whereas an increase in autolysosomes may reflect a reduction in degradative activity. It is worth emphasizing here that lysosomal digestion is a stage of autophagy and evaluating its competence is a crucial part of the evaluation of autophagic flux, or complete autophagy. Here, we present a set of guidelines for the selection and interpretation of methods for use by investigators who aim to examine macroautophagy and related processes, as well as for reviewers who need to provide realistic and reasonable critiques of papers that are focused on these processes. These guidelines are not meant to be a formulaic set of rules, because the appropriate assays depend in part on the question being asked and the system being used. In addition, we emphasize that no individual assay is guaranteed to be the most appropriate one in every situation, and we strongly recommend the use of multiple assays to monitor autophagy. Along these lines, because of the potential for pleiotropic effects due to blocking autophagy through genetic manipulation it is imperative to delete or knock down more than one autophagy-related gene. In addition, some individual Atg proteins, or groups of proteins, are involved in other cellular pathways so not all Atg proteins can be used as a specific marker for an autophagic process. In these guidelines, we consider these various methods of assessing autophagy and what information can, or cannot, be obtained from them. Finally, by discussing the merits and limits of particular autophagy assays, we hope to encourage technical innovation in the field

The Helicobacter pylori Genome Project : insights into H. pylori population structure from analysis of a worldwide collection of complete genomes

Helicobacter pylori, a dominant member of the gastric microbiota, shares co-evolutionary history with humans. This has led to the development of genetically distinct H. pylori subpopulations associated with the geographic origin of the host and with differential gastric disease risk. Here, we provide insights into H. pylori population structure as a part of the Helicobacter pylori Genome Project (HpGP), a multi-disciplinary initiative aimed at elucidating H. pylori pathogenesis and identifying new therapeutic targets. We collected 1011 well-characterized clinical strains from 50 countries and generated high-quality genome sequences. We analysed core genome diversity and population structure of the HpGP dataset and 255 worldwide reference genomes to outline the ancestral contribution to Eurasian, African, and American populations. We found evidence of substantial contribution of population hpNorthAsia and subpopulation hspUral in Northern European H. pylori. The genomes of H. pylori isolated from northern and southern Indigenous Americans differed in that bacteria isolated in northern Indigenous communities were more similar to North Asian H. pylori while the southern had higher relatedness to hpEastAsia. Notably, we also found a highly clonal yet geographically dispersed North American subpopulation, which is negative for the cag pathogenicity island, and present in 7% of sequenced US genomes. We expect the HpGP dataset and the corresponding strains to become a major asset for H. pylori genomics

Variability in remote portlets

130 p.Contexto Los portales corporativos (EIP, acrónimo en inglés de Enterprise Information Portal ) integran información, personas y procesos dentro de los límites de las organizaciones. Una característica importante de los portales corporativos es la descentralización en la creación de los contenidos y la gestión de los mismos, esto ayuda a mantener la información siempre actualizada. Otra característica distintiva es que pueden atender no sólo al personal interno de la organización a la que pertenecen, sino que también son capaces de proveer servicios a personal externo tales como clientes, proveedores y socios comerciales. Los portales permiten a las personas comunicarse y colaborar, proporcionan un punto de acceso uni cado al contenido dinámico generado por las aplicaciones de negocio, fraccionan los silos de contenido y proveen información personalizada de forma e caz. Los portales son también plataformas de integración. Además de ofrecer sus propios servicios, un portal es también un conducto para aplicaciones externas. Estas aplicaciones son técnicamente conocidas como portlets. Un portlet es un componente Web con interfaz de usuario que puede ser ofrecido a través de aplicaciones de terceros (por ejemplo, un portal). Los portlets tienen interfaz de usuario, es decir, en lugar de devolver datos en crudo, los portlets presentan vistas a los usuarios. Además, los portlets son aplicaciones complejas con contexto que pueden soportar ujos de trabajos compuestos de múltiples pasos. La especi cación de portlet [6, 7] ofrece interoperabilidad entre las plataformas de portales y los portlets, estos es, permite a los desarrolladores escribir el portlet una vez, y reutilizarlo en cualquier portal que soporte la especi cación. Esto proporciona la infraestructura para hacer posible un mercado de portlets de manera que, los portales puedan ofrecer portlets provistos por terceros. En 2006 se puso en marcha el proyecto Open Source Portlet Repository Project (un repositorio de portlets de código abierto) para fomentar el libre intercambio de portlets de código abierto. Este repositorio es "una biblioteca de aplicaciones listas para correr que se pueden descargar y desplegar directamente en su portal sin, en la mayoría de los casos, con gura- 1 ciones adicionales" [2]. Otras iniciativas similares son Portlet Swap (jboss.org) y Liferay Marketplace (liferay.com). La especi cación Web Services for Remote Portlets (WSRP) va un paso más allá y permite el renderizado remoto de los portlets. El mantra de esta especi - cación es desplegar una vez, proveer en cualquier lugar . Con WSRP, un portlet puede estar alojado ( producido ) en una infraestructura completamente aislada de los portales que ofrecen ( consumen ) el portlet a sus usuarios. Esto convierte a WSRP en una solución viable para construir portales federados, es decir, una red de portales interconectados donde los recursos alojados en un portal pueden estar disponibles en muchos. Desde esta perspectiva, los portlets juegan en la capa de presentación el mismo papel que los servicios web convencionales juegan en la capa de lógica de negocio: permiten crear sistemas complejos mediante la composición de sistemas reusables más sencillos. Las principales diferencias con los servicios web tradicionales consisten en qué se está reutilizando (que incluye la interfaz de usuario) y dónde se produce la integración (en la capa de presentación). 2 Problema General La variabilidad en software es la capacidad de un sistema o artefacto software para ser modi cado, personalizado o con gurado para su uso en un contexto particular. Pero, ¿cuánta variabilidad debemos considerar? ¿Quién es consciente de la variabilidad requerida? Para responder a estas preguntas vamos a introducir un ejemplo. Considere una compañía aérea (por ejemplo, IBERIA) que ofrece dos servicios en términos de portlets: searchFlight y bookFlight. De esta manera, las agencias de viajes (por ejemplo, HALCON) pueden hacer uso de estos portlets dentro de sus portales. Los usuarios (por ejemplo, los clientes de HALCON) acceden al portal de la agencia de viajes sin ser conscientes de que searchFlight está siendo ofrecido por un tercero (es decir, IBERIA). Por lo tanto, los portlets son explícitamente desarrollados para ser utilizados en múltiples portales, ya sea desplegados localmente o provistos de forma remota. El punto importante a destacar es que los portlets pueden ser reutilizados por diversos contextos y audiencias. Por ejemplo, IBERIA ofrece sus servicios no sólo a HALCON, sino también a otras agencias de viajes (por ejemplo, EROSKI). Esto signi ca que searchFlight también debe atender a las necesidades de integración de EROSKI. Por otro lado, incluso los clientes de un portal dado pueden tener diferentes necesidades. Por ejemplo, el usuario Oscar es muy aprensivo a las condiciones climáticas por lo que siempre consulta el pronóstico del tiempo antes de jar la fecha de un viaje. Esto sólo se aplica a Oscar, y no es contemplado por el portlet ightBooking. Por lo tanto, el Sr. Oscar se ve obligado a moverse fuera del ámbito del portal para satisfacer esta necesidad de datos (por ejemplo, a través de un widget weatherForecast ), y es su responsabilidad pasar los datos necesarios para la consulta del portal al widget. El ejemplo anterior sirve para ilustrar los diferentes contextos en los que la 2 variabilidad puede ser jada y decidida. En concreto, existen tres "reinos de decisión": el proveedor del portlet (por ejemplo, IBERIA). En este caso, el proveedor realiza un análisis profundo del dominio para satisfacer las variaciones del portlet requeridas por todos los usuarios y escenarios donde su portlet puede ser utilizado. el consumidor del portlet (por ejemplo, HALCON). Aquí, el portal del consumidor realiza un análisis de su base de consumidores, y provee los medios al propietario del portal para con gurar el portlet adecuadamente. el usuario nal (por ejemplo, el Sr. Oscar). Ningún diseño puede proporcionar información para cada situación, y ningún diseñador puede incluir información personalizada para cada usuario. Esto es cierto para cualquier aplicación web, y los portlets no son una excepción. Merece la pena mencionar, que estos reinos de decisión no son ortogonales sino complementarios. Todos, el proveedor del portlet, el consumidor del portlet, e incluso, los usuarios nales, deben colaborar para obtener una mejor experiencia en la web. Las secciones siguientes profundizan en cada uno de estos escenarios. 3 Escenario 1: Variabilidad basada en el Provee- dor Este escenario pone la carga de la variabilidad sobre los hombros del proveedor. El proveedor debe realizar un análisis del dominio con el n de comprender los diferentes entornos en los que sus portlets van a ser desplegados. Esto lleva a la noción de Consumer Pro le (o per l del consumidor). El Consumer Pro le incluye no sólo detalles sobre la plataforma del consumidor (por ejemplo, JBoss GateIn, Liferay, eXo Platform), sino también requisitos funcionales planteados por el propietario portal que necesitan ser atendidos por el proveedor del portlet. Mientras que el per l de usuario caracteriza al usuario nal (por ejemplo, edad, nombre, etc.), el Consumer Pro le recoge la idiosincrasia de la organización a través de la cual se está ofreciendo el portlet (por ejemplo, el propietario del portal) en cuanto a la funcionalidad del portlet se re ere. El per l de usuario puede ser dinámico y, por lo tanto, requiere que el portlet pueda ser personalizado en tiempo de ejecución. Por el contrario, el Consumer Pro le se conoce en tiempo de registro, y no siempre es apropiado o posible considerarlo en tiempo de ejecuci ón. En este caso, es mejor personalizar el código en tiempo de desarrollo y producir un portlet especí co para la organización que incluya funcionalidad personalizada. Para este n, se propone el uso de líneas de producto software (SPL) para el desarrollo de portlets. 3 Desarrollo basado en SPL hace referencia a los métodos, herramientas y técnicas para la creación de una colección de sistemas software similares a partir de un conjunto compartido de artefactos software utilizando un medio de producci ón común. En este escenario, ya no tenemos un portlet sino una familia de portlets, y el proveedor de portlet se convierte en la "cadena de montaje" de esta familia. Este trabajo promueve esta visión mediante la introducción de una arquitectura compatible con el estándar WSRP que permite a los consumidores de portlets manejar familias de portlet de la misma manera en la que manejan "portlets tradicionales". Al hacer esto, los portlets están más cerca de convertirse en servicios realmente reutilizables y, por lo tanto, permitir la construcción de Arquitecturas Orientadas a Servicios (SOA) usando portlets. Una arquitectura SOA de de ne como "una estrategia de TI que organiza las funciones discretas contenidas en las aplicaciones empresariales en servicios interoperables estándares que pueden ser combinados y reutilizados de manera ágil para satisfacer las necesidades del negocio" - BEA Systems, Inc. SOA ofrece a las organizaciones una mayor agilidad, ya que pueden desplegar rápidamente nuevos procesos de negocio o modi car los existentes en respuesta a los cambios del mercado. Los portales basados en portlets podrían proporcionar un enfoque ligero a las SOA. La de nición anterior puede reformularse utilizando la terminolog ía de portales como una estrategia de TI que organiza las funciones discretas contenidas en las aplicaciones empresariales [portlets] en servicios interoperables [portlets remotos pueden comunicarse y compartir datos] estándares [WSRP está basado en los estándares de servicios web] que pueden ser combinados [los portales pueden agregar información de múltiples portlets] y reutilizados de manera ágil [WSRP no requiere esfuerzo de programación] para satisfacer las necesidades del negocio . Aunque un número creciente de organizaciones se están moviendo hacia las SOA muchas están teniendo di cultades para identi- car el primer paso en el proceso. Aquellas empresas que buscan bene ciarse de las SOA pueden utilizar los portales basados en portlets como su primer paso en este camino [9]. Este escenario SOA no sólo requiere interoperabilidad (a través de los estándares de portlets) y la difusión de los portlets (a través de los repositorios de portlets), sino también variabilidad. Los portlets tienden a ser componentes de grano grueso, ya que encapsulan tanto la capa de presentación, como la capa de funcional. Estos componentes de granularidad gruesa tienen menos posibilidades de ser reutilizados "tal cual" [5]. Esto puede poner en peligro la visión de los portlets como servicios reutilizables. Esto introduce las siguientes preguntas de investigación: ¿Cómo se puede aplicar el desarrollo basado en SPL a los portlets? ¿Cuáles serían las implicaciones para el estándar WSRP? 4 4 Escenario 2: Variabilidad basada en el Con- sumidor Los proveedores de portlets no siempre pueden prever todas las necesidades de los consumidores, o algunos portlets podrían necesitar extensiones que no pueden ser soportadas utilizando los mecanismos de parametrización habituales. El etiquetado social es un ejemplo de ello. Los portales, en un grado mayor que otras aplicacionesWeb, tienen la noción de comunidad profundamente arraigada en el interior de su naturaleza. Especí camente, los Enterprise Information Portals nacieron para dar soporte a los empleados dentro de una organización. Por lo tanto, es natural integrar funcionalidades presentes en las redes sociales dentro de estos portales. Entre estas funcionalidades, este trabajo se centra en el etiquetado. La motivación para llevar el etiquetado al lugar de trabajo, admite una doble perspectiva. Desde el punto de vista de la empresa, el etiquetado es un medio económico para compartir y retener conocimiento en el contexto de una organización, previniendo la fuga de datos críticos fuera de la empresa [4]. Desde la perspectiva de un empleado, distintos estudios [11, 1, 8] concluyen que las motivaciones individuales para utilizar el etiquetado en el lugar de trabajo, tales como la creación de un repositorio personal o re-encontrar los recursos propios aún son motivaciones importantes. En este escenario, los etiquetadores (es decir, la comunidad del portal) y las etiquetas son activos del portal. Sin embargo, y a diferencia de los sitios de etiquetado tradicionales, los portales podrían no contener la descripción de todos los recursos susceptibles de ser etiquetados. Por ejemplo, la descripción de los libros o de los hoteles que se ofrecen a través del portal la podría proveer de forma remota, por ejemplo, por Amazon y Expedia, respectivamente. Esta externalización de la descripción de los contenidos no implica que no merezca la pena etiquetar los recursos externos. Esto nos lleva a distinguir entre dos actores: el proveedor de recursos, que mantiene el contenido de los recursos etiquetables (por ejemplo, la descripción del libro en el caso de Amazon), y el consumidor de recursos (es decir, el portal), que mantiene la comunidad de etiquetadores y las etiquetas. De la misma manera en que los portlets adaptan su capa de presentación a las directrices estéticas del portal que los aloja, el etiquetado a través de los portlets también debe adaptarse a las peculiaridades del portal del consumidor. Esto introduce las siguientes preguntas de investigación: ¿Cómo pueden los portlets ser conscientes de las especi cidades del portal, en concreto, aquellas referentes al etiquetado? 5 Escenario 3: Variabilidad basada en el Usuario La personalización es el proceso de adaptación de las páginas a las características o preferencias individuales de los usuarios de manera que resulten más e caces para satisfacer sus objetivos. Se basan en la teoría de que cada usuario tiene intereses y necesidades únicas. Desafortunadamente, los usuarios normalmente 5 no tienen in uencia en la elección de qué contenido puede ser personalizado o cómo puede este personalizarse. Además, no siempre es fácil para el diseñador prever los distintos contextos y objetivos desde los que se acceden a su aplicación. "Ningún diseño puede proporcionar información para cada situación, y ningún diseñador puede incluir información personalizada para cada usuario" [10]. No hace mucho tiempo, sólo los desarrolladores podían crear aplicaciones. Los usuarios sólo podían utilizar lo que los desarrolladores habían creado antes. Sin embargo, las cosas han cambiado. Con los mashups, los usuarios pueden evitar el departamento de TI y crear sus propias aplicaciones en respuesta a sus propias necesidades. Un mashup es una aplicación web ligera creada por la combinación de información y capacidades de más de una fuente existente para ofrecer nuevas funciones y conocimiento. Nuevas herramientas están actualmente disponibles (por ejemplo, Software AG Presto, IBM Mashup Center, Kofax Kapow) que requieren poca o ninguna participación del departamento de TI y permiten a los usuarios con experiencia crear el mashup que necesitan, cuando lo necesitan. Habilitando a los usuarios de esta manera, se puede reducir el número de aplicaciones que esperan a la cola del departamento de TI para ser creadas, el tiempo y los costos de desarrollo y se puede reducir el costo de crear información personalizada ya que los usuarios pueden adaptar ellos mismos la información a la forma en que la necesitan [3]. Esto introduce las siguientes preguntas de investigación: ¿Cómo pueden los mashups ser introducidos en los portales basados en portlets? 6 Contribuciones Esta tesis se ha desarrollado en el contexto de la ingeniería, lo que nos empujó a lograr no sólo una contribución académica sino también a mirar la aplicabilidad de estas ideas. Para ello, se proporciona una implementación de las ideas aquí introducidas. En nuestra opinión, esta tesis hace las siguientes aportaciones: 6.0.1 Variabilidad basada en el Proveedor Este trabajo promueve la visión de los portlets como servicios reutilizables mediante la introducción de la noción de Consumer Pro le como una forma de capturar las especi cidades de las diferentes organizaciones, donde el portlet puede ser utilizado. Esto a su vez conduce al uso de un enfoque de desarrollo de portlets basado en SPL y a la introducción de una arquitectura compatible con el estándar WSRP que permite a los consumidores de portlets manejar familias de portlet de la misma manera en la que manejan "portlets tradicionales". La solución se ha apoyado en el proyecto WSRP4Java1. 1http: //portals.apache.org/wsrp4j/ 6 6.0.2 Variabilidad basada en el Consumidor Esta tesis explora aquellos medios que pueden ser más adecuados para dar soporte a las características especí cas del consumidor. El etiquetado se utiliza como un ejemplo. Este trabajo argumenta que el etiquetado debe ser ortogonalmente soportado como una funcionalidad transversal encima de los portlets. El principal reto se basa en la coherencia tanto en el back-end (esto es, el uso de una estructura común de datos, por ejemplo, un conjunto común de etiquetas), y el front-end (esto es, las interacciones con la funcionalidad de etiquetado deben ser soportadas de forma homogénea a lo largo de todo el portal utilizando estilos de presentación similares). El mecanismo de eventos de los portlet y las anotaciones RDFa se utilizan para cumplir con este requisito. Un ejemplo sobre Liferay ilustra la viabilidad del enfoque. 6.0.3 Variabilidad basada en el Usuario El enfoque presentado introduce mashups como un mecanismo de personalizaci ón adicional mediante el cual los usuarios del portal pueden complementar los servicios del portal (es decir, los portlets) con sus propias necesidades de información. El enfoque se implementa sobre Liferay como la plataforma de portales utilizando los portlets como la tecnología para soportar los servicios del portal y XBL como que la tecnología de integración. Para facilitar la adopción del enfoque se ha desarrollado una herramienta visual que oculta los tecnicismos de XBL a los usuarios. 7 Conclusiones El protocolo WSRP describe la conversación entre los proveedores de portlets y los consumidores que actúan en nombre de los usuarios nales: los proveedores son los servicios web con capa de presentación que alojan los portlets y son capaces de procesar las solicitudes de markup y las de interacción del usuario con los portlets, los consumidores utilizan estos servicios web como parte de las vistas que presentan a los usuarios nales y gestionan las interacción de los usuarios nales con la capa de presentación de los portlets, los usuarios nales son los clientes de los consumidores Estos roles constituyen los diferentes contextos en los que la variabilidad de los portlets remotos se puede jar y decidir. el proveedor de portlet. En este caso, el proveedor de portlets lleva a cabo un análisis profundo del dominio y proporciona a los consumidores un conjunto cerrado de variantes entre las que elegir. 7 el consumidor portlet. Los consumidores de portlets también pueden crear y añadir sus propias variantes especí cas del producto, por ejemplo, para tener en cuenta los requisitos que para ser satisfechos requieren el uso de funcionalidad externa. el usuario nal. Hay una tendencia creciente para proporcionar variabilidad a los usuarios nales (por ejemplo, mecanismos a través de plugins). Sin embargo, no podemos esperar que los usuarios nales puedan editar y compilar el código fuente. Esta tesis aborda el reto de soportar variabilidad para cada uno de estos escenarios

EOG Signal Classification with Wavelet and Supervised Learning Algorithms KNN, SVM and DT

The work carried out in this paper consists of the classification of the physiological signal generated by eye movement called Electrooculography (EOG). The human eye performs simultaneous movements, when focusing on an object, generating a potential change in origin between the retinal epithelium and the cornea and modeling the eyeball as a dipole with a positive and negative hemisphere. Supervised learning algorithms were implemented to classify five eye movements; left, right, down, up and blink. Wavelet Transform was used to obtain information in the frequency domain characterizing the EOG signal with a bandwidth of 0.5 to 50 Hz; training results were obtained with the implementation of K-Nearest Neighbor (KNN) 69.4%, a Support Vector Machine (SVM) of 76.9% and Decision Tree (DT) 60.5%, checking the accuracy through the Jaccard index and other metrics such as the confusion matrix and ROC (Receiver Operating Characteristic) curve. As a result, the best classifier for this application was the SVM with Jaccard Index

Path Loss Characterization in an Indoor Laboratory Environment at 3.7 GHz in Line-Of-Sight Condition

The objective of this work is to propose experimental path loss propagation models for communication channels in indoor environments. In this sense, an experimental path loss characterization has been achieved, according to the measurements campaign carried out in a typical scenario of a university campus. These narrowband measurements were collected in the laboratory environment at 3.7 GHz in line-of-sight (LOS) condition. Also, these measurements were carried out at night to simulate stationary channel conditions. Thus, the results obtained show the values of the parameters of the close-in (CI) free space reference distance and floating-intercept (FI) path loss models, in terms of the transmitter and receiver separation distance. It should be noted that these values of the path loss models have been extracted applying linear regression techniques to the measured data. Also, these values agree with the path loss exponent values presented by other researchers in similar scenarios. The path loss behavior can be described with the implementation of these models. However, more measurement campaigns are needed to improve the understanding of propagation channel features, as well as to obtain better precision in the results obtained. This, in order to optimize the deployment and performance of next fifth-generation (5G) networks that combine indoor environments to offer their services and applications.El objetivo de este trabajo es proponer modelos experimentales de las pérdidas de propagación para canales de comunicación en entornos indoor. Se ha efectuado una caracterización experimental de las pérdidas de propagación de acuerdo con la campaña de medidas llevada a cabo en un escenario típico de un campus universitario. Estas medidas fueron realizadas en un ambiente de laboratorio a 3.7 GHz en condiciones de línea de vista y con un enfoque de banda estrecha. Las mediciones se hicieron en la noche, simulando condiciones de estacionariedad del canal de comunicaciones. Los resultados obtenidos muestran los valores de los parámetros del modelo Close-In (CI) a una distancia de referencia en espacio libre, y del modelo Floating-Intercept (FI) en términos de la distancia de separación entre el transmisor y receptor. Se debe notar que dichos valores de los modelos de pérdidas de propagación se han extraído aplicando técnicas de regresión lineal a los datos medidos. Además, concuerdan con los valores del exponente de pérdidas de propagación presentados por otros investigadores en escenarios similares. Con la implementación de estos modelos se puede describir el comportamiento de las pérdidas de propagación en este tipo de entornos, sin embargo, es necesario hacer más campañas de medición para mejorar los conocimientos de las características del canal de propagación. También, para obtener una mejor precisión en los resultados obtenidos, con el fin de optimizar el despliegue y desempeño de las futuras redes de quinta generación (5G), que combinen los entornos indoor para la prestación de sus servicios y aplicaciones